國家南海博物館選址在瓊海市潭門中心漁港，地塊歷史悠久，水陸交通便利，距離博鰲約9公里，屬于大博鰲經濟圈的范疇。南海博物館的建筑概念設計方案由中國工程院院士、華南理工大學建筑設計研究院院長何鏡堂領銜擔綱設計，融合現代美學風格和中國文化元素，以“絲路逐浪、南海方舟”為設計主題，結合了海南黎族船型屋、漁網、海浪等地方文化和海洋文化元素。南海博物館的景觀設計依附于建筑風格，運用海洋元素，融入本土海洋漁耕文化，采用大弧線組織與串聯場地內各個區域：椰林廣場、東側濱海區域、紅樹林河道區域、北廣場及西側景觀帶，并在設計過程中，著重于對場地原有植物的保護、對紅樹林原生態的恢復，同時注重人工與自然的結合，營造出本土文化風情十足的景觀空間。